蒙古人用强大的铁骑入主中原后，建立了南北统一的大元帝国。为了取得汉族士人的支持，巩固自己的统治，元朝统治者不仅利用儒学，对道教也表示了尊崇。
以南宋的灭亡为界，元代统治者对道教的态度，可以分为两个时期。在灭南宋前，主要是争取和利用北方的全真道、真大道教和太一教等。在来南宋后，主要是争取南宋统治区内影响最大的天师道。在此种政策下，道教获得了很大发展，天师道在北方迅速传播，而全真教则在江南蓬勃发展。其他各派道教分别融入天师道和全真道。
由此，道教形成了两大道派分主天下的局面，而且这种格局自此一直被保持下来，延续至今。
道教由明清步入衰落
由于明清统治者对道教实行利用和严和控制的政策，加上外来文明的进入，道教，随着封建社会的结束，开始走向衰弱。
明太祖建立大明王朝后，为了防止宗教泛滥造成政治和经济的混乱，他有限制地对宗教加以利用和控制，更对教团严加检束。所以，明初期和中期，道教根本得不到统治者的重视。
一直到明世宗时，情况大为改观，他专以扶植道教为事，使明代统治者对道教的崇奉达到顶峰。他具体的表现是：宠信道教徒和方士，并授予其高官厚禄。广建斋醮，迷信乩仙。不惜耗费民财，建筑宫室。爱好道教青词，对擅长者大加利用。迷信丹药方术。为其父母及自己加封道号。总之，崇道之滥，使明初所定下的道教管理制度大都被废弃。
明世宗之后，道教在上层的政治地位日趋衰落，道教本身逐渐走向世俗和民间化。具有道教性质的白莲教等民间秘密宗教兴起。许多思想家把道教中的思想融合在儒、释里。在文化方面，道教影响了戏曲、小说、诗词、音乐、绘画等各个方面。通过道教题材的戏曲、小说在社会上流传，道教教义教理及其宗教伦理道德思想也逐渐影响民众，深入民众的日常生活。
道教的没落
道教到了清代，由于新文化思想的兴起和西欧科学技术的传人，旧的封建的落后的宗教意识受到冲击，虽然仍有许多的信众，但已呈现出衰落的景象。
不过，清初的统治者为笼络汉人，对正一道仍加以保护，令其掌管天下道教。但自乾隆朝后，道教失去了朝廷的宠护，其地位逐渐下降。这其中唯一可提及的是全真道龙门派的复振，也只是封建道教的回光返照罢了。此时的道教在教义上已停滞不前，教团势力日渐微弱，对社会的影响也微乎其微。教规教义及一切活动都不再规范，而是去迎合社会低俗的、粗野的、下流的风尚，使道教最终走向了没落。
总之，封建制度的没落，社会的向前发展，科学文化的日渐昌明，使带有浓厚封建色彩的道教日渐衰微，乃是社会发展的必然趋势。