北宋灭亡后，中国北方开始长期处于一个被异族政权统治的局面，战乱频繁之下，民族矛盾出现了空前的尖锐。于此，饱受离乱之苦的民众开始渴望一个新的宗教，来作为抚慰心灵创伤和安身立命的精神支柱。因此，在金元时期，道教内部开始发生重大的变革，道教史开始上演一出“大分裂”的戏码。
南宋和金的对立，让道教形成了南北分裂的局面，此间涌现出许多新的教派。不过，随着元朝的统一，南北众多教派逐渐融合，形成了天下道教两大教派的局面，即正一和全真两大教派。
南宋众多的符箓派别
南宋统治者对待道教的态度，基本上与北宋统治者一致，但鉴于徽宗崇道亡国的教训，南宋朝廷再未出现过像宋真宗、宋徽宗利用道教神化皇权及崇道仰佛的极端行为。
南宋道派中符箓居多，以龙虎山、茅山、阁皂山所谓的“三山符箓”为中心，即以传统的符箓派正一、上清、灵宝为主。
茅山宗在南宋，共立十五代宗师，这些宗师虽不乏以道术名世，受到朝廷征召赐号，但除蒋宗瑛外，皆无著述传世。在教义的发挥上，较茅山宗鼎盛的隋唐时期已呈衰退之象。南宋时茅山宗在道教中已不居主流地位，这一地位已被龙虎山张天师道所取代。
南宋帝王高宗、孝宗、宁宗、理宗等，都对张天师道十分崇奉，除了大修龙虎山上清宫，还十分优礼其天师。尤其是理宗时期，不仅加封张陵为“三天扶教辅元大法师正一靖应显佑真君”，还钦定龙虎山为江南符箓道派的统领，令其主管“三山符箓”，龙虎山张天师道，由此而取得了统领“符箓诸派”的显赫地位。
阁皂宗是由灵宝派生衍化而来的，或者说就是灵宝派进入宋远后的另一名称。灵宝派道士多活动于民间，罕见有受朝廷征召赐封的高道，所以，其影响和地位不及茅山、龙虎二宗。不过，到了南宋时期，随着灵宝派在民间影响的扩大，开始以江西阁皂山为本山，传行灵宝法者也不再仅仅是职业道士。
两宋金元时，道教内丹学空前兴旺，出现了以炼内丹为宗旨的道派，流行于南宋的金丹派南宗就是其代表之一。所谓“南宗”，严格说来就是内丹的一个学派，师法宗承张伯端《悟真篇》，主张大隐混俗，不倡出家。南宗金丹派又名“紫阳派”，以“先命后性”的修炼方式而著称。入元之后，南宗教团因力量弱小，而被合流于全真、正一派，就此落入消亡的命运。
此外，除上述几大符箓派的代表流派外，彼时还出现了自称独得异传而别立宗派者，主要有：神霄派、清微派、天心正法派、东华派、净明派。