藏传佛教一般实行两院制，或称两类学院制，即讲论院和修行院，亦称作显宗学院和密宗学院。有的寺院如格鲁派寺院设有好几个院，但属教学和修习性质的也不出这两类学院。修行院就是专门修习密教的机构，但讲论院或讲经院就不一定尽属显教学习机构。一般来说，噶当派、格鲁派等显教派别（或称侧重显教的派别）的讲论院，基本上或完全是显教性质的，但宁玛、噶举、萨迦、觉囊等密教派别的讲论院则显密各半，除了进行初级阶段的学习（语言文字）和中级阶段的显教经论之外，亦在此院学习密教经论，尤其讲习本派著作及其宗见，也就是说不论显密，凡属基础知识和经论释著及其宗见方面知识传授，都在讲论院进行。如现代的宁玛派寺院，讲论院称教学学院，凡属教导的知识方面的内容，不论显教或密教都在教学学院进行，先教授显教经论，包括寺规戒律、小乘经论注释、大乘经论，再教授密经论著述，包括各派共同遵循的和本派本宗及本系侧重的经论，如密教要点，索宗、绒宗的两派的著作及隆庆巴的著作、七宝藏论等。又如现代觉囊派的讲论院，学完般若、中观、俱舍、戒律之后，进一步学习多布巴的《山法了义海》、多罗那他的《全集》以及其他本派僧人的著作和本派教材（一般是代表本派见解的著作）。
近现代密教派别的两院制，有的如宁玛派等受格鲁派的一定影响，也注重显教经论尤其格鲁派所重的论典而设置讲论院。但在以前不少派别的寺院并不明确分设显密两院，寺院的一个或数个学院都是不同类别的密教学院，讲习内容以密教为主，附带讲习显教内容。而密教的讲习多侧重修行方面的内容，密教学院以修习为主，学院实际上是修行院。密教的修行院也有分为两类，一类是讲论、修行合在一起的修行院，一是专门修行的静修院。前一类修行院是按部就班地众上师学习密教经论著述及修行理论和基本技术、方法，也依课程安排进行实际训练。如现代觉囊派的寺院先学习《时轮》、《胜乐》、《呼金刚》根本续及注释续和多布巴、多罗那他的著作，亦学习克珠杰、莫帕巴及其他派别的有关时轮续的注疏。然后进行闭关静修，主要练习六支愈瑜伽及其他密法。时间一般三年。闭关期间不得外出，削发换衣，食物由寺院或家供给，严格遵才闭关戒规。专门的静修院供一般学僧练习的多设在寺内，供已有一不定期成就或相当资格的喇嘛修行的多设在寺外，或与主寺有一定距离的独立小院，有的设在荒效野外，远离人群聚居区。设在荒郊野个的静修院，有的只是岩洞崖窟，有的甚至是地下室穴，历史上以实修著称的噶举派多有此类野外窟穴静室，现代的格鲁派也往往有此类静室。
显教派别以格鲁派为代表，寺内设有好几个学院，一般为四大学院：讲论院（显宗院）、密宗院、时轮院、医学院。其中密宗院和时轮院都是修习密教的机构，只是时轮院专习时轮法和进行时轮教法中的天文历算及技艺性的活动。有的寺院除这两个密教学院之外，还有喜金刚学院，专习喜金刚法及胜乐诸法，又有寺外设置的静修窟室。格鲁派的密宗院是专门修习密教的机构，有的寺院有两个学院，称下密院与上密院，一般只设其中的一院。其创设源于宗喀马传授密法的弟子协饶僧格，他先在后藏色地建立密宗院，称色举巴扎仓。后在卫地拉萨建密宗院，称举麦扎仓，其再传弟子衮噶顿珠后来又分迁卫地上部，遂将其称为上密院（举堆扎仓），原密院称为下密院（举麦扎仓），故格鲁派密教的传承分二系三院。上、下密院的组织系统都一样，设有扎仓、康村两级组织和执事人员，扎仓设有堪布（法座）一人，任期三年。格贵（监督，即铁棒喇嘛）一人，任期半年。翁则（经头）一人，任期三年。强佑四人，任期四至五年。一般格贵的职位必须由取得格西学位的“左仁巴”充任，期满后提升翁则，翁则任满后按年资提升堪布，堪布任满后退职，称堪苏。堪苏由资格提升法尊的高职。上密院的法尊称东峰法尊，下密院的法尊称北峰法尊。有法尊的地位后，就可以候选甘丹赤巴等的首席继承人。上、下密院修习的内容，主要是宗喀巴建立的密教教法，如《密集》四疏、广略二注，及八大导引、六大导引，大威德、时轮、胜乐等生圆二次第及各系统著作。
有的格鲁派寺院如哲蚌寺、色拉寺等，另设有阿巴扎仓，也是专修密法的扎仓，上、下密院不同，其中修习的僧人可以不必经过显宗学院的学习，其他位资格自然比较低，称其为阿巴扎巴，上、下密院的僧人则称喇嘛举巴。有的寺院如拉卜椤寺还设有喜金刚学院，亦属专习密教的机构。其院长（扎仓赤巴）是从显宗学院中有学问、受尊敬的喇嘛中选拔任命的。院长之下设有总临（持者）一人，经头一人，司库四名，年长代表四名，及厨师、持瓶者各一人，均任期一年。时轮学院的设置，与以上大致相同。其级别，亦与密宗基本相同，分初、中、高三级，但不同的是制作日历。