佛教传入西藏之初与原来的传统宗教之间发生了冲突。从纯粹文化学的观点来看，这是一种外来的系统化的较精致的文化对一种较为原始的含有更多巫术成分的本土文化的取代、融合及吸收。从政治学的角度看，则是一种依附于宗教理论的政治制度和合法的社会差别体系对一种粗暴的不平等社会现实的再组织，是一个新的封建性的农奴主集团对于旧的奴隶制贵族统治的取代。
“本教”，又称为“本波教”，俗称为“黑教”。是西藏本土最为古老的宗教，它与西藏的原始社会的经济形成相联系。按西藏人的说法，它最初形成于香雄一带。以后自西向东传布开来，其始祖为辛饶米沃且，自然是一位有名的巫师。作为原始宗教，本教具有万物有灵的观念，它认为日月星辰、山石河流、树木离兽都是有精灵所主宰的。这是萨满教的一般共性。本教具有如下一些特点：
一、从其宇宙观看，它将世界分为三个层次，即天、地、地下。天上的神称为“赞”。地上的神称为“年”，地下的神则为“龙”。地龙是所有地下宝藏，即伏藏的守护者。但就地位高低而言，则是天上的神具更优越的地位。最初人类的始祖是神，他住在天上，后来沿天梯下到了人间，在多少代之后因为人类失去了和谐，君臣之间相争，导致了天梯中断，人类再也无法回到天上，从而遭受了放逐。
二、灶神在西藏本教中地位特别重要，这反映了火在原始社会中的重要意义。从著名宗教中专家伊里亚德（Eliade）的论述看，本教中的灶神反映的是对光、火、太阳的崇拜。
三、本教在祭祀中要杀牲，这同原始社会中的血祭是一脉相承的。其实在印度古代也有血祭牺牲，婆办门教和印度教便都有这一传统。11世纪时的米拉日巴在一部书中还说，某巫师生病要杀一万头牛来祭神。本教的巫术性质和血祭性质反映在它的法器上，如以人皮作为鼓面等。
四、本教中巫师地位极重要，他们掌管着历史档案、社会司法、宗教仪式等。西藏传说中的古代赞普（国王）都是以巫师来作国师的。相对于本教，佛教的不杀生，反对血祭，佛教凭籍业的善恶来解释人生，以修持来改善人生不能不说是更个合理主义，更有利于社会安定和发展的。
7世纪以后佛教逐入西藏，便与原来的本教所代表的土著文化产生了日益强烈的冲突。7世纪初，松赞干布与唐朝文成公主和尼泊尔的尺尊公主联姻，从而将佛教引入了西藏，松赞干布的目的当初也许是为了抑制土蕃旧贵族们的势力。松赞干布死后，各部贵族又趁机作乱，利用本教势力来控制王室。无论在王室与各部贵族的会盟中，还是吐蕃的重大宗教活动，采用的仍然都是本教的仪式。到了8世纪初，赤德祖赞即位才重新执行松赞士布重用佛教的政策，提倡以佛教教化社会。710年，他与唐朝金城公主联姻，从内地重引入经像，佛教开始复苏。但到他晚年，吐蕃因为流行瘟疫，便有一些大臣贵族说是鬼神对推生邪教即佛教的惩罚，本教于是重新抬头。赤德祖赞死后，赤松德赞（755~797在位）以幼年即位，把持王权的大臣贵族有意放纵地方割据势力，以恢复本教为口号，在吐蕃“灭佛”。他们拆毁寺庙，驱逐汉地和尼泊尔来的僧人，改大昭寺为屠宰场，把文成公主带到拉萨的佛像送到芒域，直到赤松德赞成年后，才又同亲信大臣密谋，诛灭了为害佛教的权臣马相仲巴结和达札路恭，重新在西藏推行佛教，著名印度佛教高僧静命（即寂护）便是这时入藏弘法的。静命在山南的钦浦与赤松德赞见面，以佛法劝导赞普行王政。静命入吐蕃不久仍被本教势力逼走，之后是莲华生大师入藏，以密教神通弘法，建立了最早的桑耶寺。当时可以说本教与佛教势均力敌。
8世纪末，在王后蔡邦萨的支持下本教势力大张，以至赤松德赞不能不在压力下将遍照护这样的高僧流放。并延请本教法师到桑耶寺中与佛教法师同住。本教大法师香日乌金在寺中还译成本教经典《十万白龙经》。赤松德赞在地位巩固后公开宣布禁止本教，勒令本教徒改宗佛教，并多次派人往内地向唐朝请求汉僧到西藏传法。但直到以后兴佛抑本的几代赞普执政期间，佛教都一直遭受着本教的顽强抵抗。841年，吐蕃赞普热巴巾在一场政变中被支持本教的贵族所杀，被拥戴即位的郎达玛。从此开始西藏佛教史上的第二次灭佛。所有的佛教寺院全部关闭，未完工的全部停建；寺院中的壁画遭受亵渎，佛教被仍到河里；佛经则加心焚毁；佛教僧人被强迫改宗本教，拒绝改宗的则被杀死。这是一次最为严厉的打击佛教的长期运动。之后的一百年间，佛教基本在藏区绝迹。直到10世纪末，佛教才在西藏逐步复苏。而这第二次灭佛也就成了划分藏传佛教前弘期和后弘期的重要历史事件。